Le flash intégré ne limite aucunement la sensibilité à 400 ISO, et ce avec n'importe quel mode (M, Av, Tv).
Le seul paramètre qui se trouve limité est la vitesse, à 1/200 s pour la série xxxD, à cause de la vitesse de synchro flash.
Il ne faut pas confondre avec le choix ISO AUTO et le mode M, où dans ce cas-là, le fait de sortir le flash fixe les ISO à 400.

Personnellement, en intérieur lorsque je veux faire des photos au flash, je me mets:
- en mode M, le flash se chargeant d'envoyer ce qu'il faut de lumière pour atteindre l'expo correcte,
- ISO 800 ou 1600, j'évite 3200 car trop bruité à mon goût.
- f/2.8 pour capter de la lumière, au pire f/5.6 si besoin de PDC
- 1/90 s pour capter de la lumière ambiante tout en évitant les risques de flou de bougé
- IS activé
- flash cobra en rebond avec une carte blanche style "oreille de lapin". Il faut alors une compensation d'exposition du flash à +1. Sinon c'est flash intégré sans compensation d'expo au flash

Côté objectif j'utilise mon 17/55 2.8 IS USM car:
- il pique dès 2.8
- il possède l'IS
- il a un AF hyper précis, grâce à son moteur USM et le fait que son ouverture à 2.8 augmente la sensibilité du capteur AF central de mon 500D

Voilà vous savez tout !
Evidemment ces réglages ne doivent être considérés que comme une base de départ, le réglage à tout faire n'existant pas