en effet à mon avis tu as la bonne approche :
- MAP manuelle sur la mangeoire (ou une zone proche) où l'oiseau va passer
- vitesse élevée (1/2000s minimum mais plus sera mieux en effet, genre 1/4000 si possible) -> monter en iso et régler l'ouverture au plus petit possible selon la vitesse obtenue...
- essayer de contraindre par ajout de branches aux endroits adéquats l'oiseau à toujours passer par le même chemin
- faire beaucoup d'essais !

l'utilisation du flash facilitera la prise de vue en effet, mais le rendu ne sera pas le même...
Mieux vaut privilégier un jour ensoleillé en effet ou bien travailler à contre-jour (comme Munier ) pour avoir suffisamment de lumière pour figer le vol

Bon courage ! (cela donne en général des photos superbes quand elles sont réussies)

ps : peut-être que tu essais de les prendre en photo trop loin de la mangeoire, plus près fera en sorte qu'il seront plus facilement toujours dans le même plan de netteté
ps2 : tu peux essayer à l'inverse de déclencher quand l'oiseau part de la mangeoire, c'est ptet plus facile à anticiper