Il y a plusieurs problèmes dans ce que tu soulèves.
Déjà, remplace ton filtre neutre par un polarisant, ça devrait t'aider, surtout que tu n'es pas avec un UGA.
Ensuite, quand tu photographie un monument dans l'ombre avec un ciel très lumineux derrière, tu fais péter ta dynamique, c'est comme ça, tu n'y peux rien. Soit tu bouche l'ombre, soit tu crames le ciel, mais ton boitier ne sait pas faire ce grand écart photographique que tu lui demandes de faire. La solution en général c'est le HDR, faire des prises de vues décalées : une pour exposer correctement les ombres, une pour exposer correctement le ciel, une moyenne, et ensuite, faire la fusion des 3. une filtre grins neutre dégradé (GND) peut aider aussi, mais à main levée c'est bof il vaut mieux un système de porte filtre, et bien souvent on fait la photo sur trépied.

Pour le dégradé dans le ciel, c'est normal, un ciel est dégradé, si tu regardes bien, il n'est pas aussi bleu sur la ligne d'horizon qu'au dessus de ta tête, c'est lié à l'angle des rayons.
Il est donc normal de retrouver ce dégradé sur les photos.

Utilises-tu l'histogramme pour exposer correctement tes photos ?