le 550d est beaucoup plus défini que le 1000d aussi, ce n'est pas le même type d'image.
J'avais constaté aussi ce pb de "bruit un peu rouge" dans les zones sombres quand on utilisait photmatix avec les paramètres par défaut, mais en tripatouillant un peu les réglages ça le fait.

Pour la fonction d'AEB, je pense qu'elle est prévue pour faire de la rafale à main levée, si tu travaille miroir relevé, c'est déjà que tu es sur pied, avec une méthodologie un peu plus rigoureuse.
Le mieux reste donc pour moi de faire ça en mode M, et en faisant varier manuellement la vitesse,

J'utilise la rafale quand je suis à main levée en balade et que je veux pouvoir tenter un traitement HDR par la suite, mais en général, quand je fais de la "vraie" photo, je suis sur pied, avec déclencheur, et en mode M de toutes façons, en scrutant à chaque fois l'histogramme pour adapter au mieux l'expo.