Je nettoie (très) souvent mon capteur avec de l'alcool absolu et il m'arrive d'en mettre vraiment beaucoup, sans jamais constater d'infiltrations.
J'espère que tous les boîtiers ont des filtres montés avec joints étanches.

Et à l'oeil nu sur le capteur vous voyer quoi ?
Quand vous nettoyez, les tâches changent ?

L'alcool ne peut attaquer le verre de protection, si les tâches sont dessus, insistez mais avec de l'alcool absolu ou un mélange 95%+5% éther (à demander en pharmacie).
Maintenant il se peut que la gelatine du filtre IR puisse être attaquée, en cas d'infiltratin, j'essayerai sur mes Wratten.

Curieux de savoir d'où viennent ces taches.