Dommage que tu ne puisses pas tester longuement avec un autre objectif.
Peut-être passer quelques jours avec le sélecteur sur MF et voir si le cas se reproduit ? Si non, repasser en AF pour confirmer que c'est l'objo qui semble poser problème.

PS: il me semble aussi qu'il y a un paramètre dans les Cf du 40D pour autoriser la prise de vue out-of-focus, à confirmer par quelqu'un...