Sur mon 50D en M l'iso reste là où je le règle aussi bien en raw qu'en JPEG (affichage sur Bridge CS4 comme DPP) Par contre j'ai un flash E-TTL aussi, mais " hum c'est pas un canon" çà marche tout pareil, mais je l'utilise systématiquement en indirect via un petit réflecteur en plastique blanc, lampe dirigée vers le haut.
Je tatonne un peu pour le couple vitesse_ouverture, mais c'est assez rapide finalement et le flash apporte le complément quelle que soit la distance, enfin en restant raisonnable.