Cela vient du fait que, flash ou pas, la mesure est faite sur la lumière ambiante.
C'est un peu déconcertant au début, j'en conviens, mais tout à fait logique en fait. Cela permet notamment de bien exposer une scène globalement lumineuse et d'utiliser le flash pour déboucher les ombres.
Pour utiliser le flash comme apoint de lumière en pénombre, il faut préférer les autres modes. Ne pas hésiter à passer en Manuel. Ça ne comporte pas de grande difficulté d'exposition, vu que le flash est automatique, il va doser la quantité de lumière a générer pour avoir une exposition correcte avec ton ouverture.
C'est normal, dans ce cas le flash est utilisé pour faire du fill in.

Pour le mode manuel, oui et non, car si tu règle n'importe comment en manuel, ton flash va compenser mais le reste de la scène sera exposée comme une merde. Tout noir en général car très sous-exposé. Il est aussi possible d'utiliser le mode Av en bracketant à -2IL par exemple, ou passer en manuel ( ce que je préfère ) tout en ayant une expo relativement correcte tout de même.

C'est bizarre que tu n'avais pas ça avec le 400d.