Je pense que ces 2 boîtiers ne jouent pas dans la même cours.

On parle d'un boîtier haute résolution de 21 mpix face à un boîtier de 12 mpix. Quasi du simple au double, ce qui n'est pas rien (traitement informatique, stockage etc).

Pour ce qui est de l'autofocus, avantage au nikon, tout du moins sur le papier (en pratique, si tu pratiques des tofs "à la cool" avec un 50 mm, je pense pas que ça change grand chose).

Pour la tropicalisation, avantage au nikon encore. Mais franchement, avant de venir à bout de l'un ou de l'autre, faut y aller, le plus important étant la prévention et le bon sens.

Alors dans quelles situations tu vas te trouver, ça j'en sais rien. Mais perso j'utilise des boîtiers (nikon puis canon) depuis quelques années sans avoir eu à m'en plaindre de ce côté là. Sortant d'un 350D, dans tous les cas, c'est le jour et la nuit.
On voit de plus en plus fleurir des besoins et des exigences sur le matos. Et les critiques vis à vis de produits considérés comme haut de gamme sont de plus en plus virulentes. Pourtant le matos n'a jamais été aussi complet alors que je pense pas que la pratique dans l'acte photographique ai radicalement changé.

Donc pour faire simple, regarde la gamme optique (que tu feras évoluer d'une manière ou d'une autre), celui qui te bote (haute résolution face au mode rafale par ex) et tu te rapprocheras doucement de TA bonne réponse.