A ce que je vois de ton image tu n'es pas dans le bon mode d'AF : il n'y a pas le rectangle qui délimite la zone d'AF (comme celui que l'on a sur l'écran du boitier lorsqu'il est en live view). Sans cette zone, tu ne peux effectivement pas zoomer puisque c'est justement cette zone qui peut être zoomée.
Pour te mettre dans le bon mode d'AF :
- clique sur l'appareil photo vert dans le coin inférieur droit de la fenêtre pour que celui-ci soit remplacé par "Lv"
- puis clique sur la 2ème icône de la barre droite (elle représente comme une espèce de calendrier à spirales ; cela fait apparaître plein de possibilités de réglage du boitier
- pour régler l'AF correctement, clique sur la 2ème icône de la 6ème ligne (ligne "Liveview") et clique sur "Flexi Zone - Single" dans la fenêtre "Live view focus mode" qui est apparue puis ferme cette fenêtre
- une fois cela fait tu peux quitter le mode réglage en cliquant sur la 2ème icône de la barre droite qui est en rouge : les réglages disparaissent et l'icône est à nouveau blanche

En passant tu auras certainement remarqué que dans les réglages précédents il y a une ligne "Image" : en cliquant sur la 1ère icône de cette ligne tu as accès au format d'image. La 2ème icône est identique à la 1ère, en tout cas pour moi. Ne t'en soucie pas.
Je te laisse découvrir les autres réglages.

Si toute tes images sont identiques c'est sûrement que tes deux points mémorisés sont focalisés sur le même plan. Je te conseille de ne travailler qu'avec un seul point de mémorisation comme je l'ai expliqué : d'expérience, pour moi en tout cas, c'est plus simple.

Pour le nombre de photos c'est un peu du pif et en tout cas fonction de la complexité de la photo et de la profondeur de champ : j'essaie avec un pas donné, et si le résultat obtenu ne me convient pas après stacking je recommence en plus fin.

Je suis surpris par les temps que tu indiques : je n'ai pas du tout ça, pour moi c'est immédiat. Cela est-il dû à ta liaison USB ? Je ne peux pas dire car je travaille en Wifi. Ou bien ta vitesse d'exposition car je suis surpris de voir qu'elle n'est pas affichée dans le coin inférieur gauche de la fenêtre.