J'ai les deux, sur un 50D, et je dois avouer que je ne me suis jamais posé la question entre ces deux optiques tant je les utilise de manière différente.

Au niveau piqué, je pense que les deux se valent. Le 100 macro offre l'accès aux petites bêtes. Le 70-200 est polyvalent bien qu'un peu moins lumineux.

Si ce que tu veux, c'est faire du portrait, tu as déjà ton 50 f/1,8 que tu pourrais compléter par un 85 f/1,8 voire un 85 f/1,4.
Si la macro t'attire, le 100 f/2,8 est tout indiqué (et il permet accessoirement de faire de très beaux portraits).

Tu as aussi le Tamron 60mm f/2, qui pourrait remplacer ton 50 f/1,8.

Bref, c'est à toi de voir, en fonction de tes besoins. Toutes ces optiques sont excellentes ... mais ne répondent pas aux mêmes critères.