Je peux me tromper sur le fonctionnement d'aperture, mais je pense que quand il t'affiche les miniatures, il lit celle incluse dans le fichier RAW par ton boitier (en noir et blanc donc si tu lui a demandé ce traitement). Une fois ouverte, il ne lit plus que le format brut, sans tenir compte des réglages fait sur l'appareil.
La différence doit venir de là.

A ma connaissance, le seul logiciel qui utilise les infos de la pdv ets celui fourni par Canon, dpp. Lightroom ne récupère pas ces infos, et je suppose que c'est pareil pour Aperture.