C'est très simple.

Tu sélectionnes tes photos référencées (donc stockées dans un répertoire) et tu utilises Fichier/Consolider les originaux Après tu as le choix de soit copier l'original dans ta phototèque, soit tu peux déplacer dans la phototèque (donc suppression de la photo du dossier).

L'inverse utilise la commande Fichier/Déplacer l'original.

Les réglages étant déjà (et toujours) dans la phototèque, ils ne seront pas perdu.

Évidemment je te conseille de tester ça avec une phototèque vierge afin de te faire la main sur 3/4 photos, avant de faire le grand saut. Et également d'utiliser copier au lieu de déplacer afin de garder les originaux que tu effaceras par la suite si tout c'est bien passé.