Si tu achète, même a un auto-entrepreneur (qui est un statut français), tu paye la TVA. C'est un acte de commerce, et cette personne est revendeur. A moins que tu ne sois assujetti au non-payement de la TVA (dans quel cas tu peux la récupérer), la TVA doit être payée pour cet achat, sinon c'est illégal, et les douaniers te le feront payer.
S'il est revendeur, il doit te fournir un prix TTC en te la faisant payer.
Dans tout autre cas, change de vendeur, tu t'expose a des ennuis.

Pour info, la TVA est payée par le consommateur final. Tu est revendeur? dans ce cas tu ne la payera pas, c'est celui a qui tu revendra le matériel qui la payera.
Donc pour conclure: Si le douanier t'arrete pour te faire payer la TVA, c'est tout a fait normal, ce serait plutot anormal que tu ne la paye pas. De toute façon tu la payera, que ce soit en face de ton auto-entrepreneur ou de la douane (mais tu ne te fera pas enfler, parce que ce n'est pas a ton revendeur de la payer, mais bien a toi)

En espérant que cela puisse t'éclairer.