Pour ma part, je ne trouve pas très pertinent d'enregistrer les modifications dans le fichier lui-même ; on court toujours le risque de bousiller le fichier si un plantage survient. Et s'il faut travailler sur des copies des RAW, alors qu'on n'y touche pas vraiment, bonjour la place.

Avoir un fichier du même nom, au même endroit, avec un suffixe particulier (genre .dpp) est plus judicieux, car cela permet de savoir si l'on a traité cette image ou non avec un simple navigateur de fichiers. C'est d'ailleurs ce que font Bibble, ou LightZone, par exemple.