Bonjour,
Tout d'abord, un retour d'expérience perso sur le HDR. J'ai souvent été déçus par mes essais lorsqu'il y avait des zones très claires et des zones très foncées (couchés de soleil par exemple). Le HDR soit n'apporte pas grand chose, soit crée un look surréaliste... Mais bon, je n'ai fait que quelques essais sur la version trial du logiciel Nik HDR Efex, je ne suis pas un pro de la technique.

Pour répondre à tes questions :
- LR ne permet pas de fusionner des images en HDR (photoshop, à partir de la CS4, si par contre). Pour les logiciels Canon, je ne sais pas.
- Le processus de "merge" HDR prend 2 images différentes et les combine en les alignant. Donc, a priori, le fait de changer de réglages entre les prises de vue ne doit pas bloquer le processus (mais je n'ai jamais essayé). L'élément le plus primordial est que l'appareil bouge le moins possible entre les prises de vue. Peut-être prendre un ordinateur portable avec toi pour commander l'appareil via le cable USB ?
- Je ne connais pas de logiciel gratuit pour le HDR mais, pour faire quelques essais, tu peux télécharger une version d'essai de logiciels connus comme Photomatix, Nik HDR efex pro, ...

Juste une dernière remarque : dans ton cas, je me demande si faire une image composite ne serait pas une meilleure solution. Par exemple, sous photoshop, avoir l'image exposée normalement sur un calque et l'image sous-exposée sur un autre calque et utiliser le masquage pour fusionner les 2. Ca demande beaucoup de travail mais ça pourrait être plus appropriée.

Dans tout les cas, j'ai hâte de voir le résultat
Bon amusement