Évidemment ! Un pixel n'a pas de taille, ce qui compte c'est la taille des photosites : à nombre de photosites égal un capteur APS-C aura des photosites plus petits qu'un full frame. Ce qui entraine aussi davantage de place perdue entre chaque photosite (gap) : les fabricants essaient d’optimiser le réseau de microlentilles pour exploiter au maximum la surface utile des photosites.
Les photosites sont plus petits, donc la sensibilité réelle du capteur sera plus faible sur un APS-C (à fortiori sur un compact...) donc il faudra amplifier davantage le signal, d'où montée du bruit, etc... (on arrive ainsi sur un capteur APS-C de 16 Mpix à une sensibilité réelle inférieure à 40 ISO) : les constructeurs d'APN mettent beaucoup d'énergie à gérer cette montée du bruit.

Pour comparer tout cela (capteurs de tailles différentes, nombre de pixels différents), on a introduit la notion de "densité de pixels" qui se calcule simplement :

d= nombre de pixels / (taille du capteur (en cm2) x 1000000)

Plus cette densité est élevée, plus les photosites sont petits