Donc le problème de profondeur de champ est totalement exclu...
J'ai regardé l'ensemble de tes tests, et c'est pas triste.
Dans la mesure où tes tests sur mire ont été faits dans les meilleures conditions (Ce qui est loin d'être facile...), il y a au choix du front focus, du back focus, que ce soit en autofocus ou en manuel. Et pratiquement jamais une mise au point correcte.
Pour les filtres, je ne sais pas, je n'en utilise jamais, mais je crois que cela peut diminuer la définition, mais que ça puisse décaler la mise au point, j'en doute.
Peut-être un problème d'autofocus beaucoup trop "tolérant", mais vraiment beaucoup beaucoup trop... Quand à la mise au point manuelle avec le viseur riquiqui du 350D, j'y ai définitivement renoncé.
Un peu comme celui évoqué sur cette page, mais encore plus prononcé.
http://www.yapasphoto.com/accueil/mire.php
(Voir à la fin de cette page)
Même si ton appareil n'est plus sous garantie, je crois que tu devrais quand même exposé ton problème, preuves à l'appui, à Canon. On ne sait jamais...
Bon courage, comme il est dit sur la page en lien.