J'ai également le couple 40D & 100-400, tout est OK.
J'avais pourtant douté de la MAP du 100-400 après avoir acheté un 300mm f/4 et fait quelques comparaisons entre les deux objectifs.
Avant d'envoyer ton boîtier et ton objo au SAV, tu peux déjà voir si tu as vraiment un problème de MAP en faisant un test sur une charte.
J'avais fait un petit article sur mon blog avec mon expérience personnelle :
Roland Hoffmann, photographies
Mettre en place la charte pour avoir des résultats fiables n'est vraiment pas évident. A répéter quelques fois donc. Je l'ai fait 5 ou 6 fois sur les deux chartes, avec des résultats similaires.
Si tu envoie quand même ton 40D et ton 100-400, il faudrait, je pense, être certain que le SAV ne règle que l'objectif, car sinon ton boîtier risque d'être faux avec tes autres cailloux.
Roland