J'ai avancé pas mal : en fait le problème est bien la prise en main d'Autopano et non la prise de vue.
Dans le logiciel, il faut bien forcer l'utilisation de toutes les images dans le même panorama.
Puis faire une détection.
Ensuite éditer le panorama puis les points de contrôle et créer les liens entre les images des différentes rangées : prendre une image, sélectionner celle lui correspondant dans la même colonne en-dessous ou au-dessus, sélectionner la zone de recouvrement dans chaque image. Le logiciel va ensuite détecter les points de contrôle, j'ai relancer derrière une optimisation du panorama puis supprimer les points de contrôle de couleur rouge pour ne garder que les points vraiment fiables.
Puis je génère le panorama que je réimporte dans Panotour : ce dernier me génère très bien la visite virtuelle.

Il me reste 2 points à gerer : le nadir (on voit le trépied) et le zénith (plafond uniforme) mais ça je sais déjà comment m'en sortir :
- nadir : une prise de vue avec et sans trépied, je ferai une retouche avec Photoshop ;
- zenith : un post-it si plafond uniforme pour avoir un point de repère afin de générer les points de liaison.