Peut-être que tu photographie en mode semi-auto ,et le logiciel n'a pas pris toute les photos.Il faut se mettre en tout manuel,même l'AF.Est-ce que tu a fait le point nodal?
La prise en main du logiciel n'est pas simple.Je l'avais essayé en version d'essai,j'avais construit une tête panoramique pas très pratique surtout pour un 5d avec un 24-70 mm,comme c'était pas une priorité et vu le prix d'une tete pano pour du matériel lourd n'est pas donné,j'ai abandonné.
Le livre Apprendre la photo panoramique avec Autopano Edition 2009 Avec Arnaud Frich (40 euro) Edition 2011 ( 50 euro ) m'a beaucoup aidé (il y a beaucoup de choses que l'on ne retrouve pas dans les tutos )