Si on se réfère à la conception des porte-filtres (Cokin, ...), le filtre polarisant est placé le plus proche de l'objectif. Quant à savoir si cela a une importance ? Il faudrait tester.

Pour ta photo (très belle !),
avec ou sans polarisant : je pense qu'il faut voir, sur place et dans les conditions du moment (lumière), si l'effet du polarisant est important ou non (peut-être quelques reflets sur les rochers ?).

Cdlt