c'est comme tous on va dire que cela dépend
Globalement et idéalement il est une évidence qu'il vaut mieux s'en passer, rendu + naturel et discretion assuré.

Maintenant il est des cas ou le fill in est utile et d'autres ou le flash est tous simplement un impératif. Exemple dans des environnement trés sombres du genre forêt dense, j'ai testé à Bornéo il y a peu en forêt secondaire et primaire et 7 fois sur 10 je travaillais en manuel au flash. Même avec du 2.8 constant et 400 iso ça plafonnais gentiment au 1/60e alors qu'il fallait 4 fois cette vitesse la plupart du temps.
Se pose alors rapidement un pb de porté dans la mesure ou le but est d'obtenir de la vitesse, donc souvent au dessus des vitesse de synchro rapide. Le flash perd alors de son efficacité et j'ai vu des ornitho avoir recours à des beamer (lentille de fresnel placé devant le flash pour concentrer l'éclair et allonger la portée).
En ce qui concerne le dérangement là aussi pas de règle ca dépend du sujet, de son caractère, de ses habitudes, etc. Si l'homme est un prédateur ou non, s'il est chassé, ...

Ex à Bornéo j'ai photographié beaucoup de primates (macaque, nasique, orang outan) sauvages mais ts protégés sans obtenir de réaction à l'éclair (parfois de la curiosité des plus jeunes). En afrique sur des chimpanzés ou gorilles sauvage par exemple ç'est la plupart du temps impossible (spécialement avec les 1er). C'est donc trés variable d'une espèce à l'autre et d'un lieu à l'autre.
Il faut donc estimer le caractère de l'animal, sa sensibilité probable au phénomène (son comportement peu déja renseigner sur son degré de vigilance). Si on a un guide simplement demander, si on ne sait pas il ne reste que l'essai mais à la seule conditions que la réaction et fuite possible ne constitue pas un danger ou une gêne importante pour l'animal (donc se renseigner avant sur ce qui peu constituer un danger ou une réelle nuisance pour lui). Accesoirement il peu y avoir danger pour soi même sur certains animaux, je reviens sur le cas des chimpanzés sauvages, s'ils n'apprécient pas ils peuvent parfaitement venir le faire savoir de manière trés direct et rapide !