Le 100-400 n'est pas un monstre et est largement utilisable à main levé. Le trépied, tu en aura surtout l'utilité lors de séances d'affût fixe. C'est en général cette technique qui permet d'obtenir les plus chouettes images. Comme souligné par Marc22, il faut privilégier le matin tôt ou le soir tard, bien qu'une journée un peu couverte apporte de très belle photos avec lumière douce et des contrastes également doux.
L'utilisation en billebaude est également réalisable avec trépied, car l'ensemble ne sera pas très lourd. Mais les oiseaux en billebaude c'est moins simple car ces derniers sont relativement méfiants ! Aussi vaut mieux privilégier la discrétion durant certaines périodes afin d'éviter tout dérangement avec les conséquences que cela peut avoir; comme l'abandon d'un site de nidification !

L'idéal étant lors de tes balades de faire du repérage, par exemple chercher une colonie de guêpier, puis installer un affût fixe ou venir avec un affût mobile que tu installera avant que le jour ne se lève. Ici tu pourras contrôler de nombreux paramètres comme l'exposition, le perchoir ...
Pour ce qui est des rapaces, bon courage, ils sont hyper méfiants et il est difficile même avec une focale de 400mm de les approcher suffisamment près. LA PHOTO de rapace en billebaude tient souvent d'un grand coup de chance, mis à part certaines espèces comme le vautour fauve. Certaines régions sont infestées de buses variables qui peuvent du coup être assez facilement photographiées. Mais ici encore ce sont les affût fixe qui paieront le plus, surtout en hiver avec un apport régulier de nourriture pour les familiariser et les tenir sur un spot.

D'une manière générale, les oiseaux peuvent être photographiés toute l'année sans dérangement, c'est au photographe de prendre toutes les précautions possibles.
- éviter les périodes de nidification
- s'installer de nuit
- partir le plus discrètement possible
- éviter de s'approcher des nids
- éviter d'aller les voir tous les jours ........... etc
Il faut impérativement connaître les mœurs de tes sujets pour pouvoir les rencontrer plus facilement et également connaître les périodes où ils sont plus sensibles.

Pour le choix monopode ou trépied ou rien, tout est envisageable, tout dépend de ce que tu veux tirer de ton matériel et la façon que tu vas l'utiliser pour shooter.
Trépied = affût fixe ou billebaude
- avantage : stabilité et confort lors d'affût fixe
- inconvénient : matériel un peu encombrant, des fois galère à déplier rapidement pour une action où il faut être réactif

Monopode = billebaude
- avantage : stabilité et confort, éventuellement utilisable dans certains cas d'affût
-inconvénient : un peu moins stable qu'un trépied, utilisation en affût fixe pas génial

Main levée = billebaude
- avantage : partir léger, éventuellement utilisable dans certains cas d'affût
-inconvénient : moins de stabilité en cas de lumière basse

Ceci n'est que mon avis perso, tu vas sûrement avoir d'autres réponses de photographes plus avertis que moi

Pour ma part, voici un exemple d'utilisation de mon sigma 120-400 durant le brâme du cerf.
Mon matériel est installé sur trépied et appuyé sur mon épaule lors de mes déplacements (billebaude). Les pieds sont repliés et lors d'un shooting urgent je me sert du trépied comme d'un monopode. Si j'ai le temps, je le déploie pour plus de stabilité. Je me déplace avec un filet de camouflage dans le sac qui va me permettre de petites séances d'affût fixe, alors j'installe le trépied.

J'espère t'avoir un peu éclairé