Ayant été dans le même cas que toi, j'ai finalement opté pour le 50-500 de Sigma car je possédais déjà un zoom 70-300 et après mes expériences terrain je voulais absolument atteindre la focale de 500mm car c'est vraiment un plus dans certains cas (oiseaux farouches notamment ou bien pour détacher le sujet sur un fond flou).
Même si le Sigma ne va réellement que jusqu'à 470mm apparemment d'après ce que j'ai lu.

Le piqué à 500 est correct sans être extraordinaire, mais ça passe.

Je l'utilise toujours monté sur monopode ce qui permet de rester mobile ou de faire de l'affut (planté dans la vase, le monopode joue presque le role d'un trépied).
Effectivement le matin on est souvent obligé de shooter entre 800 et 1600 iso, mais le bruit est bien maitrisé sur le 40D, un peu de post-traitement donne de bonnes images si tu shoote en raw.
Tu auras le même problème avec 400 f5.6 ou 300f4+extender je pense, entre f6.3 et f5.6 la différence n'est pas si énorme... il faut passer au 500 f4 pour vraiment gagner de ce point de vue.

Je ne regrette absolument pas d'avoir pris cet objo rien que pour atteindre les 500mm ce qui aide vraiment bcp dans certains cas.
En plus c'est un zoom donc si la bête est plus près de toi ou si tu veux faire une photo d'ambiance tu peux dézoomer.

Je compte ensuite prendre le 500 f4 IS un jour... car la stabilisation doit nettement augmenter le nb de photos nettes et la grande ouverture permet d'encore mieux isoler le sujet.