Quelques pistes à essayer :
- utiliser une vitesse plus lente, de l'ordre de la seconde (permet de moyenner les variations rapides d'éclairages)
- fixer l'ouverture de l'objectif en appuyant sur le bouton test de la profondeur de champ, et en tournant l'objectif légèrement hors de ses contacts (l'ouverture ne va plus bouger, sinon l'incertitude mécanique fait que l'ouverture varie légèrement d'une photo à l'autre)
- prendre les photos en raw ("Je prends des photos en jpeg pour ne pas avoir de pré-traitement" -> le jpeg est un prétraitement, fait par le boitier). Pour faire des mesures précises il vaut mieux exploiter les données brut directement, éventuellement en passant par un dérawtiseur dont on contrôle soi-même toutes les variables.

Sinon ça peut venir des leds (du genre courant/température qui varie un peu dans le temps), dans ce cas essayer avec une autre source d'éclairage.