j'utilise le logiciel Autopano Pro (licence de 100 euros environ), très performant...
en fait je fais me clichés en mode manuel, AF sur manu aussi, et traite les images identiquement sous ligntroom, et j'assemble sur autopano pro... les résultats sont assez satisfaisant je trouve (justement pas de raccord visible etc...) à savoir qu'il faut respecter une chose en panoramique, c'est que d'une photo à l'autre il doit y avoir en moyenne 1/3 de l'image qui soit superposable avec la prise précédente... (suis-je clair?!)

la rotule panoramique que j'utilise est PanoROL ; http://panorol.ifrance.com