Si tu prend les photos en jpeg, tu peux regler la netteté directement au niveau du 400D.
Et éviter autant que faire ce peut les multiples modif/réenregistrements du jpeg.
Quant au choix du logiciel je ne connais pas les autres, et serait donc en mal de t'en conseiller un. chacun trouvant des avantages et inconvénients aux différentes solutions.
Mais sachant que tu prend en jpeg, je dirai quelque soit le soft utilisé, le moins de posttraitement possible, voir aucun si possible.