C'est vrai que là c'est un peu violent quand même.
Pour conserver le contraste et les ombres sur photomatix tu peux augmenter les réglages pour "strenght" (désolé j'ai une version anglaise je sais pas comment ça s'appelle dans la version française), microcontrast et shadows clipping, diminuer les réglages smoothing, micro-smoothing, highlights smoothness, et shadows smoothness et jouer sur la différence entre white point et black point (les grands écarts entre les deux valeurs ont tendance à diminuer le contraste).

Plus important, la transparence du vitrail disparait. Or un vitrail se doit d'être transparent, sinon c'est plus un vitrail!
Sauf quelques exceptions un vitrail n'est justement jamais transparent, un verre transparent est un verre qui laisse passer la lumière et permet de distinguer précisément les formes au travers, autrement dit c'est du verre blanc, non-dépoli de surcroît. Les verres qui composent les vitraux sont des verres translucides, ils laissent passer la lumière mais ne permettent pas de distinguer précisément les objets.
Un vitrail se doit donc d'être translucide, pas transparent.