Je suis allez plusieur fois a l'aquarium de La Rochelle (qui soit dis en passant est un énorme bluf écologique mais bon .... passons).

Les pb sont comme tu l'a noté:
- La vitesse. Les flashs sont inutilisable non pas à cause des vitres, avec une cloche anti reflet et un flash cobra c'est posssible mais simplement parce que c'est interdit ! Résultat a 1600iso on évolue entre le 1/15 et le 1/150e dans le meilleur des cas. L'objo idéal las bas c'est un 24/70 2.8 (focale, ouverture) mais bon ...

- Les vitres, elles sont trés épaisses et occasionnent d'énormes abérations chromatiques (voir les bleu de ta 2e image qui bave complètement). L'effet est d'autant plus sensible que le poisson est loin et qu'on a de l'angle avec le verre.

- La balance des blancs, mais en raw c'est bon c'est déja un pb en moins.

- La dynamique, on a une énorme dynamique dans l'image lié au lumières. Certains bassins sont plus gérable que d'autres mais la conséquence est que cela interdis souvent des traitements globaux pour récupérer l'équilibre.

En pratique la première des piste à explorer c'est les niveaux. Tu va pouvoir déplacer ton point noir, blanc et gris ca te permettra de recaller efficacement ces éléments primordiaux dans la sensation de contraste.
D'abord avec parcimonie au dev du raw, et ensuite quand (et c'est souvent) ca ne suffit pas, sous CS.
Par contre l'effet doit souvent ne concerner qu'une partie de l'image donc je te conseille vivement de travailler avec des calques de réglage sous CS. Avec les masques tu appliquera localement les effets voulus.

Attention avec les niveau on bouffe vite de la data dans l'images, à utiliser prudemment.
Ensuite, suivant les cas, tu finalise sous CS. Là aussi calque de réglage en sat, lum/cont et courbes. L'application locale des effets est primordiales pour ré équilibrer les images.


Un exemple pour ta petit seiche (j'ai volontairement grossit un peu le trait mais c'est l'iddée).
http://img292.imageshack.us/img292/3626/70378370bt8.jpg
J'ai un resserage assez sec des niveaux et ensuite une demi douzaine de calque de réglage la seiche étant traitée séparément du fond.