pas évident de répondre à toutes tes interrogations d'un coup....mais, je vais essayer de faire simple...:

1) le flash :

un outil très important en photographie...mais, difficile à gérer correctement...même en mode fill-in...surtout si tu utilises un zoom à grand "range" comme ton 90-300....
l'idéal serait de lui adjoindre un "diffuseur"....genre "casquette" portative.....ou, encore mieux, le mettre sur pied avec un parapluie ou une petite boite à lumière...
mais cela nécessite de l'argent et de la place pour positionner le tout...pas facile à gérer...
quant à la profondeur de champ .....fait des essais...sauf si tu veux absolument que les fonds soient ultra lisibles, même un fond un peu flou suffit à montrer dans quel endroit l'on se trouve......

pour LR :

avant tout, il faut considérer que le fichier informatique que tu transfère de ton boitier vers ton ordi << n'est pas un fichier terminé >>....d'où le choix de beaucoup de travailler en RAW....( fichier modifiable informatiquement mais....NON DESTRUCTIF....)

il faut donc, comme à l'époque du film, assurer un "développement" ou encore un "post-traitement" de ce fichier pour considérer qu'il est le reflet fidèle de ce que tu veux montrer...
donc, depuis LR, tu vas assurer la qualité des points suivants...:

- Balance des blancs : .....est-ce que tu as règlé ton APN sur la bonne BdB...???.....faut-il "réchauffer" ou "refroidir" l'image présente...???....faut-il reprendre la température de couleur parce que les sources en présence émettaient des rayonnements différents et me donnent des couleurs bizarres.......etc..
- l'exposition : suis-je avec une bonne ouverture de diaph...???... ce qui me donne une bonne lumière....ou suis-je trop sombre...???....ou trop clair...???
- la récupération : à utiliser avec "parcimonie".....va permettre parfois de faire "monter" des ciels un peu ternes..
- la lumière d'appoint : peut t'aider à "éclaircir" certaines zones d'ombres....attention, çà fait pas des miracles...
- les noirs : un problème que peu de photographes voient immédiatement et confondent parfois avec le "contraste".....rien à voir.....une fois de plus....lire l' histogramme......il est là pour çà...
- ensuite.....un peu de luminosité et/ou de contraste...à vérifier...

mais, surtout.....on ne joue pas avec les curseurs à fond systématiquement......un règlage peut se jouer à un chiffre près...

- puis, tu disposes, de la "clarté"....la "vibrance" et la "saturation....à utiliser dans des conditions extrêmes.....la vibrance, entre autre, va te permettre de faire une sorte de désaturation"....

et nous laisserons de côté les éléments suivants qui sont à disposition pour faire d'autres règlages éventuels ( voir des modifications de distortion d'objectif...)

le dernier point essentiel de ce "développement" : le cadrage....pour assurer l'horizontalité de l'horizon ( si nécessaire) et, éventuellement, le recadrage pour installer ton image dans le format papier qui te servira pour "imprimer" ton chef d'oeuvre...

voilà.....

bon courage pour la suite....

cdt
claude