La défragmentation ne sert pas à réparer la structure de fichiers mais à l'optimiser. D'ailleurs une défragmentation sur une structure de fichiers pourrie conduit à la catastrophe. Windows et Linux (je ne connais pas OSX) ont un vérificateur/réparateur de cohérence de la structure de fichiers (CHKDSK sur Windows, FSCK sur Linux) qui tourne de manière plus ou moins automatique en mode "vérification" quand il détecte des problèmes potentiels (arrêt du système sur coupure de courant, etc...). Et si je l'ai vu tourner un paquet de fois, je l'ai rarement vu annoncer des erreurs, alors que les structures de fichiers "modernes" utilisées par Windows et Linux sont nettement plus complexes que la bonne vieille FAT et donc plus sujettes à plantage a priori.