Pour le 1, je sais pas.
Pour le 2 il te suffit à la fin de ton script d'applatir ton image (Clic sur la petite flèche en haut à droite de la palette des calques et choisir "applatir l'image" dans la boite de dialogue du traitement par lot, sélectionner "Enregistrer et fermer" de l'onglet "Destination"!