Dans le problème que tu décris, il y en a en fait deux. Le diaphragme qui clignote vient effectivement comme te l'on dit les autres intervenants d'une vitesse trop élevée pour le trio vitesse/diaphragme/Iso.

En photo sous marine tu as peu de lumière (d'où le besoin du flash), or le mode TV ne gère pas le flash en auto, mais en fill-in, c'est à dire qu'il fait l'expo comme si le flash n'était pas présent. Seuls les modes P et M gèrent le flash en totalité. Le mode AV le gère partiellement, de base, non, mais on peut forcer la vitesse au 1/200 ou 1/250 ème en fonction du boitier.

Le rond qui clignote à droite, vient du fait que l'autofocus n'arrive pas à faire le point, ce qui rejoint le problème précédent, à savoir le manque de lumière. Tu ne précises pas le type de flash que tu utilises (intégré, déporté, type, marque etc...)
Avec le flash intégré ou un flash Canon connecté sur la griffe ou sur un câble asservi, ceux ci vont émettre soit une série d'éclairs rapprochés pour que l'AF puisse faire le point, soit un faisceau infrarouge (dans l'eau pas évident que cela soit efficace).

A mon avis, la solution la plus simple serait de travailler en M avec une vitesse suffisante (1/100ème suffit largement) une ouverture de diaph vers f/5.6-8 pour avoir un peu de PDC et un flash costaud (580 EX II) .

Là encore, tu ne précises pas quel type de photo tu veux faire (au téléobjectif, au grand angle, poissons, plantes décor etc..)