Tout le problème, dans le gag qui m'était arrivé, c'est que la carte CF depuis son achat, n'avait jamais été formatée qu'avec le boîtier, et que cette partition étrange qui s'était crée, le gestionnaire de disques de Windows 7 s'était avéré incapable de résoudre, et je sais l'utiliser.
De mémoire et vite fait:

Un boiter lors d'un formatage réécrit systématiquement la MBR, Le BPB et la FAT, ne touche pas aux autres secteurs de la carte.
Un boitier avec une carte sd et l'option "bas niveau" activée appelle la fonction dédiée du contrôleur SD provoquant l'effacement de toutes les pages des mémoire flash, et passe a la ligne précédente.

Un formatage rapide windows (standard) n'efface que la FAT
Un formatage complet Windows, réécrit le BPB, la FAT et teste tout les secteurs de la partition
Un partitionnement Windows réécrit le MBR, le probleme avec le gestionnaire de disque Windows est qu'il considère une carte comme un media amovible applique des restrictions dessus et qu'il ne peut modifier une partition existante ou remettre le disque a zero.
Pour cela il faut passer en ligne de commande avec diskpart clean qui efface réellement les 1000 premiers secteurs.




Le probleme de SD peut avoir deux causes, le premier secteur corrompu physiquement, tant qu'il n'est pas effacé le contrôleur de la carte ne va pas modifier son allocation sur la puce flash ou le schéma de partitionnement adopté par les boitiers.

Normalement ils devraient utiliser systématiquement du pur LBA mais il font un mix bidouille CHS y compris pour des media >= 8Go. Apres comment ils calculent les secteurs, je n'ai pas fait suffisamment d'essais mais j'ai un peu l'impression qu'ils récupèrent bien les infos de géométrie de disque en provenance du contrôleur mais que si des données sont deja présentes ils recopient ce qu'ils ont lu si cela leur parait correct. J'ai eu comme cela des soucis avec des adaptateurs SD/CF qui fonctionnaient parfaitement sur ordinateur (win/linux/Osx) mais plantaient parfois sur boitiers, le formatage par ce dernier étant indispensable. Le fait d'effacer complétement les secteurs de départ résout le probleme de recopie d'infos incorrectes.

A noter qu'il est facile de voir si une carte a été formatée a partir d'un boitier ou d'un ordinateur, un boitier n’écrit pas dans le MBR et le BPB les zones réservées au secteur d'amorce, tout les systemes d'exploitation d'ordinateur intel le font par contre.

Les logiciels effectuant un formatage dit "de bas niveau" (sic, ceux qui se sont tapé du ST506 me comprendront ) effectuent un re-partitionnement complet du disque avec recréation a neuf des MBR, BPB et FAT. La plupart du temps ils testent chaque secteur avec une écriture de motifs différents, en cas d'erreur tout les contrôleurs de carte disposant d'ECC éliminent les blocs défectueux et provoquent une re-alocation des secteurs par rapport aux blocs flash. Si l'on a pas un de ces logiciels, diskpart clean suivi d'un formatage sans option rapide fait exactement la meme chose.

Il existe des logiciels constructeur permettant de remettre a zero les infos d'allocation secteur/block flash et éventuellement de nivellement d'usure mais je ne l'ai vu que sur des CF industrielles ou des SSD.

Je suis d'accord avec gparedes, le formatage boîtier n'est qu'un effacement de la table des fichiers.
Non

Et effectivement, toujours partir avec au moins une carte de rechange
Cela c'est le bon sens, et plus efficace que tout notre baratin technique