Tout d'abord, merci pour vos réponses.
Pour essayer de clore dès a présent le débat sur le système anti poussière, je précise que j'ai déjà constaté sur plusieurs photos l'apparition de poussières, qui ont très bien été nettoyées par le système de nettoyage automatique du capteur. De ce que j'ai pu constater, l'efficacité me convient parfaitement, puisque avec de nombreux changement d'objectifs, je n'ai quasiment pas de poussière, contrairement à ce qui se passe sur mon 20D.

Pour détailler un peu plus mon problème, j'ai placé deux photos sur mon ftp : l'une avant nettoyage (qui ne laisse apparaitre que deux poussières et prouve l'efficacité du système anti poussière!)
http://chr79.free.fr/en/avant.JPG (2Mo)
et l'autre, après quasiment une heure d'acharnement pour nettoyer ce que je pensais n'être que des poussières (ames sensibles s'abstenir...)
http://chr79.free.fr/en/apres.JPG (2Mo)

Je n'ai essayé de faire le nettoyage qu'avec un pinceau de type sensor brush, sans aucun produit. Sur mon 20D, le résultat était excellent à chaque fois, mais sur le 1D mark III, a chaque passage, j'ajoute ce qui ressemble a de la poussière, et est ensuite impossible à retirer .

Je pense que la seule solution qui me reste va être de faire appel à un centre de réparation/nettoyage agrée Canon, en esperant que ce n'est que des poussières collées, et pas des micro rayures ou autre.