J'ai eu ce genre de problème avec les grips BG-E2 et 3 (40D et 350D). En espérant ne pas dire de bêtises, je crois qu'il est lié à l'état des batteries, ou plutôt la différence d'état entre les 2 batteries : au lieu de 2 batteries identiques qui unissent leurs forces pour alimenter l'appareil 2 fois plus longtemps (elles sont en parallèle), la plus balaise se décharge dans la plus faible (schématiquement) et ça se traduit par une panne d'énergie bien plus tôt encore que s'il n'y avait qu'une seule batterie dans le grip.

Mais je dis bien que c'est une interprétation personnelle, et je suis volontiers preneur de toute autre explication vraie. Bizarrement on parle très peu de ce problème, je l'ai résolu aussi en ne mettant qu'une seule batterie, pour garder quand même les autres petits avantages de la chose.