Donc si j'ai bien compris tu a

Un D90 ayant a l'origine deux batteries EN-EL3e



Sur ce boitier D90 le témoin d'autonomie clignote en permanence quel que soit l’état des batteries, sur un autre boitier les utilisant comme un D300 le fonctionnement est correct.

Il est donc plus que probable que le soucis ne vienne pas des batteries mais du boitier. Je ne peux que te conseiller de regarder les lames contact a l'interieur du D90, de vérifier qu'elles ne soient pas tordues et les nettoyer avec un coton tige imbibé (pas dégoulinant) d'alcool voir si cela améliore. Au besoin une batterie neuve en compatible cela se trouve dans les 15/20€.