J'ai exactement le même problème avec mon 20D
Quand je copiais les tof avec eos viewer, au bout d'un certain temps, le chargement s'arretait et l'appli semblait bloquée...
En étant patient, au bout d'un moment (une dizaine de minutes quand même parfois), je pouvais reprendre la main, par contre la totalité des tofs n'était pas transmise...
J'ai pu observer ce phénomène sur deux versions différentes de windows, sur 98 que j'ai sur mon portable et sur xp sur mon pc de bureau...
J'ai comme le sentiment que cela viendrait plus d'une sorte de mise en veille de l'appareil après un certain délai de transfert... et non pas d'un pb de driver...

Depuis je vide mes cartes via un lecteur de cartes et ça passe sans problème...

En fait j'ai pas trouvé de solution autre que le contournement !