Est-ce que tu as fait un nettoyage capteur récemment ?
Peut-être que ça pourrait aider...

Sinon, c'est bizarre qu'elles n'apparaissent pas sur le fichier couleur, peut-être qu'elles viennent du traitement que tu applique à la photo. Est-ce qu'elles apparaissent seulement sur les photos que tu as traitées de la même façon ? Est-ce que avant tu faisais le même traitement ?