J'ai essayé en Live View et la miracle, ça marche, puis a nouveau par le viseur et ça remarche pas mal... A n'y rien comprendre!
De grande chances que ce ne soit pas le 100-400 qui est mettre en cause dans ce cas mais le boitier et son AF classique. A part ton 18-200 tes optiques ouvrent plus que le 100-400 ce qui aide l'af. Vérifie tout de même que l'obturateur du 100-400 ne soit pas coincé un peu fermé.

Donc refait des essais en essayant de te faire prêter un autre boitier, tu aurai eu autre chose qu'un 600d je t'aurai dit de vérifier la cfn de limitation de recherche du point mais apparemment tu n'a pas cette option.