Le 5DIV possède une meilleure dynamique (1,7 EVS de différence). Pour certains, ça semble être un argument déterminant.
Plus de Mégapixels sur le 5DIV également. Si tu as pour habitude de cropper, c'est peut-être intéressant (mais bon, pas énorme non plus).
Je crois aussi que l'autofocus peut faire une différence si c'est important pour toi (mais celui du 6DII est pas mal déjà, en net progrès par rapport au 6D premier du nom - et par rapport au 5DII aussi).


La prise synchro flash, les émetteurs en sont souvent pourvus, je ne crois pas que ce soit rédhibitoire.
Le 98% ne me semble pas gênant. Pas plus qu'une vitesse d'obturation de 1/8000 (même si de temps à autre, ça peut être intéressant pour shooter en plein soleil à PO, par exemple...)
Pour le double Slot, ça dépend sans doute de tes habitudes. Et l'enjeu n'est certainement pas le même si tu es pro. Si tu ne l'est pas, utiliser des cartes plus petites peut suffire à limiter la casse en cas de problème (et je crois qu'en plus, les données sont souvent récupérables).

Avec le 6DII, tu auras au moins la qualité d'image du 5DIII. L'écran articulé en plus
Mais ça dépend surtout de tes habitudes, et du type de photos que tu aimes prendre.

Après, à vu de nez, j'ai quand même l'impression qu'un 5DIV est plus viable sur le long terme. À moins d'un virage (vraiment) soudain de Canon vers le Mirrorless, ça laisse le temps de voir venir au moins 2 générations de reflex avant de se sentir limité.
Pour le 6DII, c'est une autre affaire dans la mesure où le capteur est sujet à controverses...