Bonjour à tous,
J'ai enfin trouvé la réponse. Le 7DMkII ne perd pas de fichier, en fait, il oublie d'en effacer. Comme je l'avais dit au support CANON, c'est bien un problème logiciel. L'origine est dans l'effacement des photos lors de leur consultation sur le boitier. Il ne va effacer QUE le fichier présent sur la carte configurée comme source de lecture et il va donc conserver celui correspondant à l'image sur l'autre carte.
Dans mon cas, je stocke mes RAW sur la CF et les JPEG sur la SD. J'ai configuré la CF comme carte de re-lecture et je supprime parfois quelques images depuis mon boitier. Sur mon PC, j'utilise la carte SD pour faire le tri et je récupère les RAW associés via un script de synchronisation. Et c'est là que j'observe des pertes de fichiers. Et en connaissant le défaut indiqué au début, c'est normal ! Seuls les fichiers RAW de la carte CF ont été effacés par le boitier et les fichiers JPEG de la carte SD sont tous présents d'où la différence que j'ai interprété comme une perte de fichier car je ne me rappelai plus les avoir effacés.
Ce défaut logiciel semble toucher l'ensemble toucher l'ensemble des boitiers offrant cette fonctionnalité, j'ai lu le même type de défaut sur le 5DMkIV.

Donc je considère ce point comme clos. Pour aller plus loin, il faudrait une correction logicielle de la part de CANON.

Je vous remercie pour votre participation.
2PixF.