Par nature, la mise au point au live view (détection de contraste) est la meilleure puisqu'elle est calculée sur le capteur (mais aussi la plus lente).
Elle est faite "en direct", à diaphragme réel, sur le plan de l'image, ce qui règle les problèmes de "focus shift".

Mais les deux doivent correspondre, sinon c'est que la mise au point par corrélation de phase (via le miroir) est mal réglée, en tout cas pour l'objectif en question (d'où l’intérêt des micro-réglages).