Oui si les points sont visibles que à la visée et pas sur les photos c'est que ces poussières sont sur le dépoli ou encore sur l’œilleton.
Dans certains cas on peut le faire soit même, en utilisant un pinceau par exemple, dans d'autres le verre peut être ôté (mais il faut être très délicat dans cette opération, si on connait pas, vaut mieux le faire faire).

Tu sauras bientôt si le réglage AF a solutionné les pb de netteté