J'ai fait le même constat : l'éclair du flash interne est toujours présent.
Pour qu'il en soit autrement, il faudrait qu'il se déclenche AVANT l'ouverture de l'obturateur et j'imagine que cela pourrait poser des problèmes de synchronisation puisque le flash externe doit évidemment se déclencher APRES l'ouverture de l'obturateur donc avec un retard.
A ma connaissance il n'y a qu'une solution si on ne veut pas que l'éclair du flash influe sur la photo : mettre un filtre rouge devant le flash pour "simuler" la transmission "infrarouge" d'un ST-E2.

Ou utiliser un ST-E2 ou un transmetteur radio, mais on sort de la question.