Concernant le réglage second rideau à partir du boitier : si c'est comme le 5D, il est indiqué dans le manuel que cette fonction ne marche que pour les flashes qui n'ont pas cette fonction (anciens flashes).
Si le flash dispose de cette fonction, le réglage sur le boitier est annulé et la synchro deuxième rideau est à régler sur le flash directement. C'est donc un comportement normal.

Sinon, concernant le reste, aucun problème avec le 58AF1 et le 5D, donc je ne sais pas.