En fait voici l'essentiel de mes questions...
1) le TTL et l'AF assisté par le 580 EX II sont très "liés" non ?
Rien à voir, le TTL est la technologie qui permet à l'appareil de mesurer l'exposition au flash et d'adapter la puissance de ce dernier en conséquence. TTL (through the lens) va lancer un pré éclair, la mesure de lumière va faire son office en regardant ce qui a été éclairé par le flash, et adapter la puissance de celui ci de manière à obtenir une exposition correcte, ensuite, l'appareil déclenche le flash. Dans la pratique, tu ne vois généralement qu'un seul éclair, les deux étant consécutifs et très rapprochés. Pour bien observer ce phénomène, tu peux essayer de mettre une pause longue (1seconde par exemple), en synchro deuxième rideau : tu as un premier éclair au déclenchement, puis un autre plus (ou moins) puissant à la fin du temps de pause.

L'assistance AF est un simple rayon lumineux projeté qui va permettre à l'AF de mieux voir le contraste quand il manque de lumière pour être utilisable.

2) y a-t-il moyen de déporter un 580 ex II et de continuer à profiter de son assistance à l'AF avec son fameux faisceau rouge ?
[Je sais que souvent, on dit qu'il faut travailler en manuel avec les flashs déportés, mais je vous assure qu'une mise au point manuel dans le noir avec des sujets qui bougent sans cesse... ben c'est pas évident !]

Pas à ma connaissance, la solution serait alors de mettre un 580 ex (II) sur l'appareil qui fait l'assistance, et un autre flash en déporté qui fait l'éclair. De toute manière, faire faire l'assistance par le flash déporté est peux pratique, car c'est le recepteur infrarouge qui projette ce rayon, or ce récepteur doit être dirigé vers toi (et non le sujet)

3) si j'utilise un 580 ex II monté sur boîtier en guise de transmetteur, pourra-t-il encore contribuer à l'AF avec son faisceau rouge ?
cf. au dessus


Et le préflash obligatoire pour la communication du "maître" ne risque-t-il pas déjà de me donner des yeux "rouges" (blanc en fait avec cet animal)

cf. au dessus en partie pour l'explication du préflash, mais tu dois parler du flash de synchro (qui donne l'information aux flashs esclave qu'il faut déclencher), qui est encore différent du pré éclair de mesure TTL. Cet éclair est obligatoire, mais peu puissant. Il peut cependant se voir sur les photos, mais très peu (dans un reflet par exemple). En l'occurrence, il est possible que ça te donne les yeux légèrement jaunes/rouge/blanc (rayer la mention inutile), mais pas trop marqué

4) si j'utilise un 580 ex II comme transmetteur et 2 autre 580 ex II en esclave, ils sauront déterminer automatiquement leur puissance pour une exposition correcte ? (je suis en mode M sur le boîtier, mais je me vois mal aller dire que le flash de gauche doit augmenter de puissance entre 20h15 et 20h40 puis à 21h, etc pour une exposition similaire)

Oui, c'est le principe de la mesure TTL, tu peux ainsi gérer le ratio entre les deux (pour donner plus d'importance au flash déporter, et n'utiliser le flash maitre sur le boitier que pour déboucher les ombres).
Le Mode M (et les paramètres de prise de vue en générale) ne serve qu'à contrôler l'importance de la lumière ambiante, le flash se débrouille ensuite pour s'adapter à ces paramètre, et obtenir une expo correcte (sauf en cas de mode manuel du flash... évidemment).
Pour simplifier, la vitesse n'a aucune influence sur le flash (jusqu'à la limite de la vitesse de synchro, après on entre dans un autre mode flash qu'est la synchro haute vitesse, radicalement différent). Le diaphragme (et les iso) vont impacter directement la puissance, puisque la lumière envoyée par le flash sera directement "filtrée" par le diaphragme (je trouve pas bien mes mots sur ca).
De même, la distance impact fortement le flash (la puissance augmente en fonction du carré de la distance il me semble)

Enfin, pour finir sur ton problème d'yeux, c'est difficile à résoudre (à part un psot traitement tout à fait faisable et pas compliqué), car les animaux nocturnes ont exprès des yeux grands ouvert avec une pupille très dilatée, de manière à capter la moindre lumière. De fait, le moindre éclair vient se refléter sur la fovéa et donner cet aspect globuleux. La solution serait d'avoir une lumière continue sur quelques temps (dixième de seconde ??? j'en sais rien) de manière à ce que l'oeil de l'animal ai le temps de réagir et de fermer son iris... mais l'animal aurait alors le reflex de s'enfuir je pense.