Je possède le flash Yongnuo 568 EX II et un Canon 6D et j'ai constaté le même problème. Petite variante, c'est que mon flash sous-expose d'au moins 2 diaphragme mais seulement en flash indirect, donc si je le pointe vers le plafond ou vers un mur. En flash direct je trouve l'exposition correcte.

Après de nombreuses recherches j'ai trouvé quelque chose qui solutionne ce problème. Dans les réglages du flash tu as le choix entre 2 modes de mesure de l'exposition : évaluatif et moyenne. Par défaut je suis en évaluatif et la mesure d'exposition est généralement correcte, sauf justement en flash indirect chez moi. En modifiant la mesure sur "moyenne" l'exposition devient correcte en indirect. Pourquoi? je ne sais pas. Du coup je change ce réglage en fonction de la photo que je fais.

Essaye et dis nous si ça résoud ton problème de sous-ex.