Merci à tous pour les nouvelles réponses.

la question portait bien sur le 5D2 et le 6D, et pas du tout sur le 5D3. Sinon on peut aussi inclure le 1D4 et le 1Dx tant qu'à faire...
Ces deux boitiers sont très proches en terme de prix, le 5D3 est 1000€ plus cher (30% plus cher) donc oui logiquement il doit être meilleur mais pas du tout dans le budget.

Au final j'ai pris un 6D, commandé sur un site bien connu et qui livre en 24h.

J'ai acheté un peu de matériel supplémentaire avec. La qualité d'image est excellente, nette amélioration par rapport au 50D, l'AF est très bon (avec les bons objectifs), la montée en iso est très performante (j'ai des images nettes et non bruitées prises à 420mm f5,6 en intérieures à 1600 ISO).

Bref je le recommande à tous ceux qui ont le budget et qui s'y intéresse.